MTÜ Eesti Jäätmehoolduskeskuse kõrgemaks juhtimisorganiks on üldkoosolek.
MTÜ Eesti Jäätmehoolduskeskuse üldkoosolekul on 17 liiget. Igal liikmel on üldkoosolekul üks hääl, olenemata omavalitsuse elanike arvust.
MTÜ EJHK üldkoosolekud toimuvad vähemalt 2 korda aastas.

Juhatuse liikmed:
Rait Pihelgas

Nõukogu liikmed:
Kalle Toomet
Riivo Noor
Ain Valu
Alar Karu
Andrus Umoja
Priit Värk
Lauri Luur

Nõukogu koosolekud toimuvad vastavalt vajadusele kuu esimesel neljapäeval algusega kell 10:00.